在生产中，目前采用的灭菌都是常压（少数高压）高温灭菌。这种物理灭菌方法建立耗能、消时基础上，对加温设备和加温过程要求十分严格。随着技术的进步，一种更为便捷的灭菌方法——常温化学灭菌技术正在开发。介于两者之间的中温灭菌技术日趋完善，在生产上应用总量已超过三万吨培养料。这种灭菌方法的核心技术是利用60—80℃的温度杀灭不耐高温的菌类（如绿霉、酵母菌等），利用选择性化学药剂和一定的温度杀灭耐较高温度的菌类（如黄曲霉）。之所以需要加温致中等温度（一般为60—80℃），是因为在此温度下，低温型菌类（很多是耐药型）已经死亡，同时药剂在此温度下活性增强而高温菌系抗药性减弱。至于常温灭菌，目前还不容易在选择性杀菌、药剂成本和残留方面找到可接受的接洽点。
应该指出的是，化学灭菌的药剂必须具备残效期短、选择性强、残留不超标几项特点。通过多年研究和推广，庆元县科研中心研制的中温灭菌剂，已经在生产领域广为应用。
2、 新型透气筒袋的应用
新型透气筒袋与接种口新型封口技术的接合，使香菇培养质处于一种富氧、无杂菌的状态。这个技术的核心在于在膜上贴接一张滤菌透气膜。经笔者测试，应用该种筒袋可隔离病虫的同时，充分满足香菇菌丝的氧需求CO2的排放。在28℃下发菌速度比常规提高 %，头潮菇提前约 天，总产量提高 %。挽回病虫损失因环境和常规制菇水平的不一致而很难测定，但在大范围生产情况下，理论分析达到10%以上。
3、培养料脱袋保水技术
该技术的要点在于在香菇菌棒上制造一层具有如下效能的膜：1、保持水份；2、张力小满足自然出菇；3、对人体和菇体无毒副作用；4、低成本；5、操作方便。
一种新型保水剂，在涂刷脱袋菌棒后，凝结一层保水膜层，这道膜层能满足以上五项要求。试验表明，采用该技术后，畸形菇大幅减少，香菇商品价值大大提高，同时表面绿霉得到效好的抑制。
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