1、吸湿性强。油菜种子的种皮较薄，子叶嫩，籽粒细小，暴露的比面大，容易吸湿回潮，但遇到干燥的天气也容易释放水分。
2、容易发热霉变。大多数品种在收获后须通过一段后熟期，在此期间代谢作用特别旺盛，放出的热量很多，同时收获时夹带的泥沙较多，种堆的孔隙皮特别小，不易散热和散湿，在高温季节容易发热霉变。
3、脂肪含量高，易酸败。油菜籽含油率高，一般在35％－40％之间，在高温高湿的情况下，脂肪被分解而产生游离脂肪酸；而使酸价增高，引起发热和酸败。
油菜种子收获时间，以花薹上有70％－80％的角果呈现黄色时为宜。太早嫩籽多，水分高不易脱粒，内部欠充实，难贮藏；太迟则角果容易爆裂，籽粒散失，造成损失。脱粒后经过筛选，清除泥沙杂质，干燥后贮藏。
泊菜籽的入库水分应视当地气候特点和贮藏条件而定，大多数地区一定的贮藏条件，水分可控制在9％－10％以内；在高温多湿地区，或仓库条件较差，种子水分应控制在8％－9％以内。
油菜种子的贮藏温度，应根据季节严格进行控制，夏季种温一般不宜超过28－30℃；春秋季不宜超过13—15℃；冬季不宜超过6－8℃，种温与仓温相差如超过3—5℃就应采取措施，进行通风降温。
散装菜籽堆放高度随水分多少而增减。水分在7％－9％时，可堆1.5－2.0米高；水分在9％－10％时，只能堆1－1.5米高；水分在10%－12％时，堆高只能1米左右；水分超过12％不能入库。
散装种子可将表面耙成波浪形或铺底形，增大种子与空气的接触面，以利种子堆内湿、热的散发。
油菜籽如用袋装贮藏，应尽可能堆成各种形式的通风桩等。种子水分在9％以下时，可堆高10包，9％－10％的可堆8-7包，水分超过12％时，高度不宜超过5包。
油菜种子属不耐贮藏的种子，但掌握了它的贮藏持性，严格控制贮藏条件检查，也能达到安全贮藏的目的。
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