细菌性腹泻主要与母猪有关，母猪进产房前未进行有效的清洁，产房环境脏乱差，母猪粪便不能有效被清理，仔猪接触被粪便污染的乳头，或接触到环境中的粪便导致仔猪发生细菌性腹泻。细菌性死亡率不高，但会严重影响仔猪断奶体重，仔猪哺乳期细菌病多辩证为湿热腹泻，推荐使用白头翁口服液或杨树花口服液。临床试验显示母猪饮水中添加白头翁口服液，能有效降低所产仔猪黄白痢的发生，仔猪腹泻停止时间要比使用头孢治疗组提前1-2天，并显著提高仔猪断奶时的平均体重，白头翁口服液比未用药组每头要重110克。白头翁口服液可以过乳止泻，通过饲喂母畜来使仔猪腹泻康复，相比给哺乳仔猪灌胃打针要节约很多时间。
病毒性腹泻往往呈现严重水样泄泻，哺乳期仔猪死亡率也会很高。除轮状病毒只引起两月龄以内仔猪发病外，TGEV与PEDV均还引起中大猪发病，流行速度快，几天可以覆盖全群。临床试验显示当全群猪突发上述病毒性水泻情况时，饮水中添加裨卫建口服液，母猪仔猪可共同饮水防治，往往在2-3天内就能止住腹泻，能大幅减低仔猪的死亡率将近30%，并有效恢复母猪采食量。另一类病毒腹泻是猪瘟和伪狂犬引起的腹泻，则需要通过超前免疫和超前滴鼻免疫进行预防。非传染因素腹泻多与管理不周有关系，可通过查明原因，改进管理进行控制。
保育仔猪中药保健：体重4~6公斤的刚断奶仔猪不但消化系统未充分发育，而且体温调节系统和免疫系统也未发育完善。此时奶猪面临着由液态料向固体饲料的转换，同时还面临着产房到保育环境的转变，另外还会包括并窝应激。
3周龄仔猪的胃弹性差且只能容纳0.2L左右的食物胃无法扩张，不能容纳仔猪咽下的全部固体饲料，导致饲料被吐出来或进入十二指肠再次激活饥饿反射。食物在仔猪胃内存留45~60min时间内，胃就会排空。摄入的固体饲料在胃和十二指肠中不能停留足够的时间，不能充分的进行酸浴，不能为消化蛋白质和脂肪在小肠的吸收做好准备，而且胃酸也不足以清除天然强酸物质敏感的有害菌。
有害菌会引起肠绒毛防御性的收缩，同时刺激肠绒毛基部的细胞慢慢渗出水分，刺激排便，激发仔猪体内的防御机制，这也是断奶仔猪容易腹泻的原因。
而不太了解的养殖者，往往见到腹泻后，会采取抗生素以及苦寒类的中药如清瘟败毒散、黄连解毒散等进行抗菌处理，导致仔猪胃气受损，正气下降，导致仔猪免疫力下降，临床上若无细菌指证，尽量不用，仔猪脾胃易伤不易补，此时可以使用健脾胃或扶正祛邪的中药以及益生菌辅助治疗，例如蜘蛛香颗粒，四君子散，芪板青颗粒等，若有继发感染，建议中等剂量的苦寒中药短期使用3-5天。
帮助断奶仔猪度过这个消化瓶颈期，需要在断奶前做好认料以及减少断奶后的应激。延后仔猪断奶日期，尽量采取28-35日龄断奶，会减少过敏性和消化不良性腹泻，若28日龄前后断奶，断奶当日采食100g以上的固体饲料，将大大减轻了断奶时对消化系统的应激。
由于仔猪会经常腹泻，而刚断奶饮水量不足，容易导致酸中毒，一旦发现腹泻需要在饮水中及时加入含有电解质的溶液。寒冷和贼风会促使仔猪应激，从而引起食欲和消化能力的双重应激，建议在转猪和猪舍内采取保暖措施和中药预防相并重的手段。
在中药预防上，四逆汤经常被用来减少应激；加速体表血液循环和提振仔猪体内的阳气来对抗寒冷应激。另外参苓白术散也多被采用，其在断奶前提前饲喂可使母猪和仔猪镇静安神，减少应激。
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