巨噬细胞在抗感染免疫和免疫应答等方面起着非常重要的作用，黄芩苷体内试验表明它对小鼠腹腔巨噬细胞具有双向调节作用，低剂量可显著增加巨噬细胞吞噬中性红和溶菌酶含量，高剂量则起抑制作用。（https://www.jinzhus.com/item/3650/）有学者研究证实，黄芩苷对脂多糖诱导的小鼠淋巴细胞增殖反应具有剂量效应关系，在低剂量时均表现为促进淋巴细胞增殖，而高剂量时则表现为明显抑制作用。同时发现腹腔注射黄芩苷(0.25mg· kg-1· d-1连续五天)可明显增加小鼠脾脏单核细胞内CAMP的含量，而CAMP可以促进和诱导淋巴细胞的分化，由此推断黄芩苷对淋巴细胞分化具有一定的调节作用。
红细胞膜表面存在的补体C3b受体CRI在介导清楚循环免疫复合物及病原的免疫黏附有重要作用。通过在体内外用药观察黄芩苷对小鼠红细胞-C3b受体花环形成试验结果证明，黄芩苷对红细胞免疫黏附功能具有促进作用。
黄芩苷的抗微生物的作用早为医学界所认识，其清热解毒的作用实质就是对细菌和病毒等致病原的抑制或灭杀作用。
黄芩苷对多种病毒有抑制作用。
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